京阪神都市圏（大阪・京都・神戸）と大分は、約690km離れており、この区間の移動手段は鉄道・高速バス（夜行）と飛行機、フェリーの4つの選択肢があります。それぞれの選択肢について運賃・移動時間・快適性を比較していきます。
東海道・山陽新幹線・特急ソニック
| 別府/大分 | |||
 | 京都駅⇔東海道・山陽新幹線⇔小倉駅 ⇔特急ソニック⇔別府・大分駅 | グリーン車22,230円 指定席 17,360円 自由席 16,180円 | 4時間06分/16分 |
| 大阪駅⇔東海道線 ⇔新大阪駅⇔山陽新幹線⇔小倉駅 ⇔特急ソニック⇔別府・大分駅 | グリーン車21,790円 指定席 16,920円 自由席 15,850円 | ４時間22分/32分 |
| 三宮駅⇔市営地下鉄 ⇔新神戸駅⇔山陽新幹線⇔小倉駅 ⇔特急ソニック⇔別府・大分駅 | グリーン車21,670円 指定席 16,800円 自由席 15,730円 | 3時間58分/ ４時間8分 |
はじめに鉄道を利用した場合を見ていきます。まず京阪神の主要ターミナルと福岡の小倉駅間は新幹線を利用し、小倉～別府・大分間は、特急ソニックに乗り換えて移動します。運賃は15,730円～16,180円です。この運賃は、下記の割引切符を利用することで以下のように安くできます。
| 京都 | 大阪 | 神戸 | ||
| e特急券 | グリーン21,900円 指定席 17,030円 自由席 16,180円 | 21,410円 16,540円 15,800円 | 21,290円 16,420円 15,680円 | 会員制 当時予約可能 |
| スーパー早特きっぷ | 指定席 設定なし | 16,110円 | 16,110円 | 13日前まで購入可能 |
| 学割 | グリーン19,980円 指定席 15,110円 自由席 13,930円 | 19,610円 14,740円 13,670円 | 19,550円 14,680円 13,610円 | 学割証明必要 |
この区間はJR西日本とJR九州の2会社を跨ぐほか、小倉駅での乗り換えがあるためか、割引切符は、上記3つのみです。一番安いのは学生割引です。スーパー早特きっぷは指定席の料金は安くなりますが、自由席と比べると高く、最安値にはなりません。なお、スマートExやeきっぷも購入自体はできますが、通常料金に比べて割高になるのでお勧めできません。
移動時間は約4時間～4時間30分程度です。別府大分間は、特急では10分の移動時間がかかります。小倉駅で乗り換えがあることや、小倉大分間は在来線を通行するため、移動時間がかかります。運行本数は、新幹線については1時間に6本程度はあり、充実しています。特に「みずほ」よりも「のぞみ」の本数が多いのが特徴で、九州新幹線の車両よりも東海道・山陽新幹線の車両の方が移動しやすいです。九州ソニックは1時間に2本あり、こちらも本数は充実しています。
なお、鉄道のルートには、特急ゆふを利用するルートも存在します。こちらは久留米駅で新幹線から特急に乗り換えるルートであり、特急の停車駅には湯布院があります。これは湯布院へ向かうのであれば良いですが、大分・別府方面へ向かう場合はお勧めできません。移動時間が長いうえに運賃も高くなるからです。
新幹線+宿泊パックツアー・バリ得を利用する
大阪もしくは福岡で1泊以上するのであれば、ホテルとセットになったツアーを利用する方法も有効です。これは、新幹線もしくは飛行機の移動と宿泊がセットになったツアーパックで、別々に予約するよりも安い運賃で利用できます。具体例をあげてみていきます。
| 新大阪⇔山陽新幹線 ⇔別府駅（往復・ホテル1泊） | すべて込み 約35,500円～ | 別々に予約した場合 運賃：15,850円x2 ホテル：5,000円～ 合計：36,700円～ |
ツアーは山陽新幹線の往復とホテル料金が含まれます。すべて込みで35,500円ですが、別々に予約すると最低でも36,700円かかります。差額は1,200円にもなります。価格も安くなりますが、ホテルと合わせて予約できるので、別々に予約・購入する手間が省けるのもメリットです。
高速バス（夜行バス）
 | 京都駅・大阪駅・なんば・三宮 ⇔ウィラートラベル⇔中津・宇佐 ・別府北浜・大分トキハ・大分新川 | 8,800円～ | 20時～22時発 5時～8時着 |
次に高速バスでの移動を比較します。高速バスは、ウィラーエクスプレス1社が京阪神と大分間を運行しています。京都・大阪・神戸のいずれにも停車し、大分県では中津、宇佐、別府、大分と県内の主要都市に停車します。大分の主要な部分はすべてカバーするバスと捉えてよいでしょう。運賃は8,800円～、夜間に走行するためこの料金は宿泊費も含みます。シートは長距離なので、完全独立3列シートで構成されています。
飛行機（格安航空券伊丹経由）
 | 大阪梅田丸ビル⇔ 伊丹空港線バス⇔伊丹空港 ⇔ANA・JAL⇔大分空港 ⇔空港連絡バス⇔別府北浜・大分 | 大阪バス：650円 飛行機：9,690円～ 大分バス：1,600円 合計：11,940円～ | 大阪バス：45分 飛行機：1時間15分 大分バス：1時間 ～1時間15分 合計：約3時間～3時間15分 |
| （京都発） | 京都駅⇔伊丹空港線⇔伊丹空港 | 京都バス：1,340円 合計：12,630円～ | 京都バス：約1時間 合計：約3時間15分 ～3時間30分 |
| （神戸発） | 三宮駅⇔伊丹空港線⇔伊丹空港 | 神戸バス：1,070円 合計：12,360円～ | 神戸バス：約50分 合計：約3時間5分 ～3時間20分 |
次に飛行機での移動を比較します。こちらはANA・JAL・IBEXの格安航空券を利用します。最安値の航空券は9,690円からあり、合計すると、約12,000円～12,500円で移動できます。この値段は新幹線よりも安い料金です。全体的に、JAL・ANAよりIBEXの航空券が安い傾向にあります。移動時間は、約3時間～3時間30分程度で、鉄道に比べてもこちらのほうが短いです。ただし、飛行機の飛行時間よりも、前後の空港と主要都市間のアクセスに時間がかかり、こちらの方が移動時間に多くを占めます。大分空港から別府、大分へのバスは別府まで1時間、大分まで1時間15分ですので、多少時間の幅があるのはこのためです。なお、バスの遅れによって、この移動時間は長くなることがあります。この区間の飛行機の運行本数は1日7本で、朝から夕方までまんべんなく運行されています。
フェリー
次にフェリーでの移動ルートを見ていきます。フェリーは、さんふらわあフェリーが神戸大分、大阪別府間で運行されています。ここではその2つフェリーを比較してみていきます。
商船三井さんふらわあ（大阪別府）
 | 大阪（西梅田）⇔メトロ ⇔トレードセンター前 ⇔さんふらわあ⇔別府港 ⇔連絡バス⇔別府駅 | メトロ：290円 フェリー：13,200円～ バス：210円 合計：13,700円～ | フェリーは 18～20時発 6時～7時着 |
| （京都から） | 京都駅⇔JR東海道線⇔大阪（西梅田） *西梅田からは上記と同じ | JR：580円 合計：14,280円～ | |
| （神戸から） | 三ノ宮⇔JR東海道線⇔大阪（西梅田） | JR；420円 合計：14,120円～ |
大阪別府間は、大阪南港と別府港を結んでいます。夜に出発し、朝に到着、夜行バスのように夜間に移動する形となっています。運賃は最安値のプライベートベッドが13,700円、高い等級（グレードの高い個室）を利用すると、上記よりも料金がかかります。一見高いように見えるものの、これは宿泊費を含むため、実質的には新幹線や飛行機よりも安くなります。また、夜行バスと異なるのは、横になるスペースがあり、入浴・食事ができることで、個室を利用すれば、移動しながらホテルと同程度の快適性で夜を過ごせます。フェリーターミナルまでの乗り換えがあるものの、このメリットは他の移動手段にはなく、とてもコストパフォーマンスが高いです。
商船三井さんふらわあ（神戸大分）
| 三宮⇔JR東海道線⇔住吉駅 ⇔フェリーバス⇔神戸港 ⇔さんふらわあ⇔大分港 ⇔路線バス⇔大分駅 | JR：200円 神戸バス：230円 大分バス：200円 フェリー：9,300円～ 合計：9,930円～ | フェリーは 19時発6時～7時着 |
| （京都から） | 京都⇔JR東海道線⇔住吉駅 | JR：1,110円 合計：10,840円～ | |
| （大阪から） | 大阪⇔JR東海道線⇔住吉駅 *住吉駅からは上記と同じ | JR：410円 合計：10,140円～ |
同様のフェリーは神戸発着のものもあります。こちら、別府ではなく大分へ向かうフェリーで、同様に、夜発朝に到着するため、船内で一泊できるフェリーです。料金は、雑魚寝部屋で9,300円ですが、プライベートベッドで13,200円です。基本料金はこの13,200円となっています。こちらも同様に、宿泊も兼ねて移動していると考えると、安くコストパフォーマンスが高いです。大阪のフェリーとの違いは、こちらは雑魚寝部屋がある点で、雑魚寝で問題ないのであれば、こちらの方が安くなります。
まとめ
以上をまとめると、運賃が一番安いのは夜行バス、次がフェリーですが、快適性を考慮すると、フェリーが一番快適で、コストパフォーマンスが高くなります。日中の移動に関しては飛行機安く、移動時間の面でも最短です。鉄道は、運行本数の多さがメリットではあるものの、一番料金が高く、移動時間も長いです。
移動時間比較早見表（京都大分）
| 移動手段 | 通常運賃 | 移動時間 | 備考 |
| 鉄道 | 16,180円 | 4時間16分 | |
| 夜行バス | 8,800円～ | 夜発朝着 | |
| 飛行機 | 12,630円～ | 約3時間30分 | |
| フェリー | 10,840円～ | 夜発朝着 | 港まで鉄道・バス 宿泊費込み |
＊別府の移動時間は上記から10分引く。
移動時間比較早見表（大阪大分）
| 移動手段 | 通常運賃 | 移動時間 | 備考 |
| 鉄道 | 15,850円 | 4時間32分 | |
| 夜行バス | 8,800円～ | 夜発朝着 | |
| 飛行機 | 11,940円～ | 約3時間15分 | |
| フェリー | 10,140円～ | 夜発朝着 | 港まで鉄道・バス 宿泊費込み |
移動時間比較早見表（神戸大分）
| 移動手段 | 通常運賃 | 移動時間 | 備考 |
| 鉄道 | 15,730円 | 4時間8分 | |
| 夜行バス | 8,800円～ | 夜発朝着 | |
| 飛行機 | 12,360円～ | 約3時間20分 | |
| フェリー | 9,930円～ | 夜発朝着 | 港まで鉄道・バス 宿泊費込み |
